Depuis le 1er septembre 2026, les règles qui encadrent la prescription des arrêts de travail évoluent. Plusieurs changements sont désormais à connaître si tu es salarié, freelance… ou salarié porté. Ils concernent la durée maximale de prescription, le motif médical, et la téléconsultation.
Si tu es salarié porté, ces changements te concernent aussi. Mais rassure-toi : ils ne remettent pas en cause le fonctionnement général de ton arrêt de travail. Ton entreprise de portage reste ton employeur et conserve son rôle dans la gestion administrative de ton arrêt, notamment pour les démarches liées aux indemnités journalières et, le cas échéant, à la subrogation.
Ces nouvelles règles découlent de l’article 81 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 et de plusieurs décrets publiés le 12 juin 2026. Leur objectif est notamment de mieux encadrer la prescription et le suivi des arrêts de travail.
C’est probablement le changement le plus visible : depuis le 1er septembre, une première prescription d’arrêt de travail ne peut en principe pas dépasser 31 jours. En cas de prolongation, chaque prescription est désormais plafonnée à 62 jours.
Le médecin doit désormais renouveler la prescription au fur et à mesure, sauf lorsqu’une dérogation est justifiée par l’état de santé du patient.
Si ton état de santé nécessite un arrêt plus long que les plafonds prévus, le professionnel de santé doit alors le justifier, sur la prescription, en tenant notamment compte des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Autrement dit : 31 jours pour un premier arrêt et 62 jours pour une prolongation constituent des plafonds de principe, pas une interdiction de prescrire plus longtemps lorsque la situation médicale l’exige.
Et si ton arrêt a commencé avant le 1er septembre ?
Pas de panique : les nouvelles règles ne s’appliquent pas rétroactivement. Le décret prévoit que les nouveaux plafonds concernent les prescriptions et les prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.
Donc, si ton arrêt a été prescrit avant cette date, la prescription initiale reste régie par les règles applicables au moment où elle a été établie.
C’est un point important à retenir si ton arrêt était déjà en cours au moment de l’entrée en vigueur de la réforme.
Deuxième évolution : depuis le 1er septembre, le professionnel de santé doit systématiquement renseigner le motif médical qui justifie l’arrêt de travail.
Cette obligation concerne les prescriptions d’arrêt de travail pour maladie, hors arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.
L’objectif est de permettre au service médical de l’Assurance Maladie de disposer des éléments nécessaires pour comprendre et, si besoin, contrôler la justification de l’arrêt. Cela ne signifie pas que ton employeur va connaître ton diagnostic.
Le secret médical reste applicable. Le volet destiné à l’employeur ne comporte pas le motif médical de l’arrêt. L’Assurance Maladie rappelle d’ailleurs que le volet 3 transmis à l’employeur ne mentionne pas la raison médicale de l’arrêt.
Un contrôle médical peut être sollicité après trois mois
La réforme renforce également le lien entre la prescription et le suivi médical des arrêts longs.
Depuis le 1er septembre, à partir de trois mois de renouvellement d’un arrêt de travail, le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance Maladie.
L’idée est de permettre un échange avec le service médical lorsque l’arrêt se prolonge dans le temps.
La téléconsultation permet toujours la prescription d’un arrêt de travail. Mais depuis le 1er septembre, son utilisation est davantage encadrée.
En principe, un arrêt prescrit en téléconsultation ne peut pas dépasser trois jours. Le premier renouvellement réalisé à distance ne peut pas non plus avoir pour effet de porter à plus de trois jours la durée de l’arrêt déjà en cours. Les renouvellements suivants ne peuvent pas être prescrits en téléconsultation.
La règle des trois jours connaît toutefois plusieurs exceptions.
Pour un salarié porté, la réforme ajoute surtout quelques points de vigilance.
Tu restes salarié de ton entreprise de portage. C’est donc l’entreprise de portage qui joue le rôle d’employeur et qui prend en charge les démarches administratives liées à ton arrêt de travail.
Lorsque l’arrêt est télétransmis par le professionnel de santé, les volets 1 et 2 sont directement adressés à la CPAM et le volet 3 est remis au salarié pour transmission à l’employeur. Tu disposes en principe de 48 heures pour transmettre ce volet à ta société de portage.
L’entreprise peut ensuite effectuer les démarches nécessaires auprès de l’Assurance Maladie, notamment l’attestation de salaire permettant le calcul et le versement de tes indemnités journalières.
Lorsque l’employeur maintient tout ou partie du salaire pendant un arrêt et remplit les conditions requises, il peut demander à percevoir directement les indemnités journalières qui te sont dues par l’Assurance Maladie. C’est ce qu’on appelle la subrogation.
Concrètement, au lieu de recevoir directement tes indemnités journalières de la CPAM, celles-ci peuvent être versées à ton entreprise de portage. Celle-ci continue alors à te verser la rémunération prévue dans le cadre du maintien de salaire, selon les règles applicables à ta situation.
La subrogation permet donc de simplifier la circulation des indemnités entre l’Assurance Maladie, l’entreprise de portage et toi.
Attention toutefois : la subrogation ne signifie pas que l’entreprise de portage prend en charge elle-même les indemnités journalières de l’Assurance Maladie. Elle permet à l’employeur de les percevoir directement lorsqu’un maintien de salaire est prévu et que les conditions sont réunies.
Si tu es concerné par un arrêt de travail, quelques réflexes peuvent t’éviter des complications administratives.
Un arrêt établi avant le 1er septembre n’est pas automatiquement soumis aux nouvelles règles. En revanche, une prolongation prescrite depuis cette date doit respecter les nouveaux plafonds.
Une première prescription est désormais plafonnée à 31 jours et une prolongation à 62 jours, sauf dérogation médicale justifiée. N’attends donc pas le dernier moment pour organiser ton suivi médical.
Sauf exception, un arrêt prescrit à distance est limité à trois jours et les renouvellements ultérieurs ne peuvent pas être réalisés en téléconsultation.
Elle doit pouvoir effectuer les démarches nécessaires auprès de l’Assurance Maladie et, lorsqu’elle est applicable, mettre en place la subrogation.
Ton entreprise de portage gère la partie employeur et administrative. La CPAM, de son côté, gère tes indemnités journalières et leur contrôle.
Depuis le 1er septembre 2026, les règles de prescription des arrêts de travail sont donc plus encadrées.
À cela s’ajoutent deux évolutions importantes : le motif médical doit désormais être renseigné sur la prescription et, à partir de trois mois de renouvellement, le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance Maladie.
Si ton arrêt était déjà en cours avant le 1er septembre, tu n’es pas concerné rétroactivement par les nouveaux plafonds. En revanche, toute nouvelle prolongation prescrite depuis le 1er septembre doit respecter les nouvelles règles.
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